北京大学哲学系始建于1912年，1914正式招生，是我国高等学校中最早成立的哲学系。创建之初为北大文科哲学门，亦称“中国哲学门”，1919年更名为哲学系。历史上，著名学者蔡元培、胡适、蒋梦麟、熊十力、唐钺、邓以蜇、汤用彤、梁漱溟、金岳霖、冯友兰、宗白华、朱光潜、冯定、陈康、贺麟、沈有鼎、洪谦、张岱年、胡世华等先后在这里执教，培养了数代中国最优秀的哲学家，使这里成为现代中国哲学的摇篮。
     1937年，由于日本发动全面的侵华战争，哲学系随校内迁，在云南昆明与清华、南开的相关科系合组为西南联合大学哲学系。抗战胜利后，1946年北大复校，哲学系也随校北上，恢复为北大哲学系。1952年全国院系调整，部分高校哲学骨干教师汇入哲学系，进一步壮大了哲学系的阵容。
     1978年，心理学专业从哲学系分出，独立成为心理学系。1978年以来，哲学系在改革开放的环境里快速发展，学科门类逐步完备，教师配备渐趋合理，图书资料日益丰富，科研条件极大改善。1981年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、美学成为第一批博士学位授权点。1988年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学等三个学科被评为国家重点学科。1994年起列为国家文科基础学科人才培养和科学研究基地。1998年被国务院学位委员会批准为哲学一级学科博士点，在哲学的全部8个二级学科（马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学）招收博士和硕士研究生。1999年经教育部批准设立哲学学科博士后流动站。2002年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学等四个学科被评为国家重点学科。 由于学科发展的需要，1995年9月宗教学由原来与哲学、逻辑学并列的专业独立成系。按照一种新的办学模式，宗教学系与哲学系联体运作，以求协力发展。2000年外国哲学研究所被评为教育部人文社会科学研究基地，2004年美学与美育研究中心评为教育部人文社会科学研究基地。
     90年来，哲学系共培养了8000余名毕业生，其中有张申府、冯友兰、孙本文、罗常培、顾颉刚、杨晦、潘菽、朱自清、朱谦之、牟宗三、何其芳、胡世华这样的大学者，也有邓中夏这样的革命志士，还有各行各业的大批骨干力量。这些毕业生遍布海内外，为中华民族的振兴和人类文明的发展作出了巨大的贡献。北京大学哲学系对20世纪中国哲学的发展起了重大的推动作用，并且还将在21世纪对人类文明继续作出应有的贡献。哲学系宗教学系按照8个二级学科设立9个教研室，2个教育部人文社会科学研究基地，1个和系合作的研究所，1个挂靠的科研机构，9个虚体研究机构。截止2010年3月，哲学系在职教师63人，其中教授31人，副教授29人，讲师3人。近5年来，哲学系教师承担了数十项国家和省部级的科研项目，出版专著近百部，在核心期刊上发表刊物超过800篇，获省部级以上的学术奖励超过30人次。